Nazwa miejscowości pochodzi od kwaśnych wód zwanych przez górali „szczawami”.
Prawdopodobnie osada istniała już w XIII w. jako własność zakonu starosądeckich Klarysek.
Od połowy XIV wieku okoliczne tereny weszły w skład domeny królewskiej.Pierwsze udokumentowane wzmianki o miejscowości pochodzą z 1413.
W dokumencie wydanym przez króla Władysława Jagiełłę znajduje się wzmianka o Abrahamie Czarnym z Goszyc, który w zamian za pożyczkę udzieloną królowi, otrzymuje w zastaw Starostwo Czorsztyńskie. Przy okazji tego zapisu wymieniona zostaje Szczawnica: Wyżna i Niżna.
W 1475 Jan Długosz w „Liber beneficiorum dioecesis Cracoviensis” wspomina miejscowość o nazwie „Szczawnica magna” – duża.
Szczawnicka parafia notowana jest od 1491, jednak w 1529 została zlikwidowana. Biskup krakowski Piotr Tomicki afiliował ją do parafii w Krościenku. Nie przeszkodziło to jednak w wybudowaniu w 1550 roku nowego drewnianego kościółka na miejscu starego.
W połowie XVI wieku istniała w Szczawnicy instytucja sołtysa i wybraniectwa (przywilej wolnego chłopa zwolnionego z pańszczyzny w zamian za służbę wojskową na rzecz króla).
Wieś rozwijała się powoli. W 1581 była jeszcze niewielką osadą obejmująca 2,5 łanów ziemi kmiecych i 4 zagrodników bez roli. Niespełna 200 lat później, obie Szczawnice liczyły już 10 ról, 8 zagród oraz 2 młyny.
Do końca XVIII wieku Szczawnica była częścią Starostwa Czorsztyńskiego.

Tereny te mocno ucierpiały w osiemnastym stuleciu. W 1706, podczas III wojny północnej, odbyły się tu walki między wojskami starosty Lubomirskiego z Lubowli i wojskami rosyjskimi.
Na przełomie 1735/36 na trenie Szczawnicy stacjonowały oddziały przeciwne elekcji króla Stanisława Leszczyńskiego, a w latach 1768 - 1770 walki prowadzili tu Konfederaci Barscy pod wodzą Beniowskiego.
W 1769 pod pozorem utworzenia kordonu sanitarnego mającego chronić Węgry przed rozprzestrzeniającą się zarazą, wojska austriackie zajęły Spisz i Podhale. Tereny te zostały oficjalnie przyznane Austrii w 1772. Po śmierci ostatniego starosty czorsztyńskiego Szczawnica została w 1810. włączona przez rząd austriacki do starostwa nowotarskiego, a następnie wystawiona na sprzedaż.
W 1870 Szczawnica odzyskała część praw parafialnych, stając się tzw. samodzielną kapelanią. Pełne prawa parafii otrzymała na nowo w 1889.
Elektryfikacja Szczawnicy rozpoczęła się w roku 1935, a kanalizacja w 1937.
W czasie II wojny światowej w Szczawnicy działały placówki gestapo, straży granicznej oraz policji kryminalnej. Mimo to przebiegał tędy jeden z głównych szlaków kurierskich przez Słowację na Węgry.
W 1957 połączona Szczawnica Wyżna i Niżna uzyskały (jako Szczawnica) status osiedla, a następnie 22 lipca 1962 prawa miejskie.
W latach 1973 - 1982 połączona z Krościenkiem, nosiła wtedy nazwę Szczawnica-Krościenko. W 1982 nastąpił ponowny podział miejscowości.
1 stycznia 2008 zmieniono rodzaj gminy Szczawnica z miejskiego na miejsko – wiejski, co w praktyce oznaczało zmniejszenie obszaru miasta i wyłączenie z niego dawnych wsi Jaworki i Szlachtowa (uzyskały ponownie status wsi) oraz Biała Woda i Czarna Woda (otrzymały status części wsi Jaworki). Granice miasta objęły 4 obręby ewidencyjne.